26 июля 2005 года при проведении спецоперации полковник В.Чубенко принял решение на задержание лидеров бандгруппы, готовящих террористический акт, в результате которого могли быть большие человеческие жертвы.
     
В ходе боестолкновения один боевик был убит, второй ранен и задержан, третий, отстреливаясь из автомата, попытался скрыться в лесополосе. Полковник В. Чубенко лично возглавил группу преследования бандита.
     
В ходе преследования он лично уничтожил преступника, тем самым спас жизнь шестерых боевых товарищей, однако сам получил ранение в голову, от которого впоследствии скончался.
     
В результате проведенной специальной операции, благодаря мужеству, героизму и самоотверженности полковника Василия Чубенко, ценой собственной жизни спасшего своих подчиненных, были сорваны планы бандформирований по захвату школы в н.п. Хасавюрт и предотвращены многочисленные жертвы среди мирного населения.
     
Указом Президента РФ от 1 октября 2005 года начальник разведки Московского округа внутренних войск МВД России полковник Василий Эдуардович Чубенко удостоен  звания Героя Российской Федерации (посмертно).