В период с 7 сентября по 30 октября 1999 года командующий войсками Северо-Кавказского округа внутренних войск МВД России генерал-полковник М.Лабунец, будучи заместителем руководителя оперативного штаба федеральных сил в Республике Дагестан, лично спланировал и грамотно организовал боевое применение сил и средств, что позволило выполнить задачи по разгрому и уничтожению боевиков в Кадарской зоне Дагестана, освобождению от бандформирований населенных пунктов Шелковского и Гудермесского районов Чеченской Республики.
      
С 29 февраля по сентябрь 2000 года командовал группировкой внутренних войск МВД России в Северо-Кавказском регионе.
      
В марте 2000 года около 2000 боевиков под командованием полевого командира Р.Гелаева захватили н.п. Комсомольское. 11 марта генерал-полковник М.Лабунец был назначен руководителем войсковой операции в районе этого населенного пункта.
      
22 марта 2000 года в 15.00 часов 16-дневная войсковая операция под руководством генерал-полковника М.Лабунца по освобождению населенного пункта Комсомольское Урус-Мартановского района Чеченской Республики от боевиков была завершена. Впервые за весь период проведения контртеррористической операции на территории Чеченской Республики была осуществлена беспрецедентная массовая сдача в плен боевиков, в том числе наемников: арабов, чехов, китайцев, всего  273 бандита. Захвачен в плен полевой командир Темирбулатов, уничтожено свыше 1500 боевиков, 5 складов с боеприпасами и имуществом, 56 дотов, изъято более 800 единиц огнестрельного оружия и гранатометов, освобождено из плена 8 военнослужащих. Банда Гелаева была полностью уничтожена. С окончанием этой операции наметился коренной перелом в ходе всей контртеррористической операции на территории Чечни.
      
Группировка внутренних войск под руководством генерал-полковника Лабунца М.И. за период с 29 февраля по 1 сентября 2000 года нанесла значительный урон незаконным вооруженным формированиям. За этот период было проведено 249 специальных операций. В результате уничтожено свыше 2000 боевиков, 128 складов боеприпасов и горюче-смазочных материалов, 103 огневых точки, около 25 тысяч взрывных устройств, мин, фугасов, изъято более 3500 единиц стрелкового оружия и свыше одного миллиона боеприпасов к ним, 18 минометов, 44 огнемета, 401 гранатомет, изъяты 1 танк, 1 БТР, 2 БРДМ.

Указом Президента Российской Федерации от 8 ноября 2002 года за мужество и героизм,  проявленные при исполнении воинского долга в Северо-Кавказском регионе генерал-полковнику Лабунцу Михаилу Ивановичу присвоено звание Героя Российской Федерации.