Так уж сложилось, что в последние годы опасность и риск были постоянными спутниками генерала. Когда обострилась обстановка в Чечне, Николай Васильевич возглавил тактическую группировку внутренних войск.

... Начатая 10 июля 1996 года зачистка села Гехи проходила трудно. Боевики не хотели сдавать оружие. Завязавшийся утром бой продолжался несколько часов. Когда интенсивность его несколько спала, генерал выехал на встречу со старейшинами. Но договориться так и не удалось. Утром снова предстояло проводить спецоперацию.

11 июля  в 6.20 генерал-майор Скрыпник выехал на позиции подчиненных ему подразделений — хотел лично убедиться, что все готово к операции. На одном из участков произошел подрыв БТРа управляемым фугасом большой мощности, в результате которого командующий был тяжело ранен. Для оказания медицинской помощи он на вертолете был срочно эвакуирован во владикавказский госпиталь, но раны оказались слишком серьезными...

За мужество и героизм, проявленные при выполнении воинского долга, Указом Президента РФ от 18 ноября 1996 года Скрыпнику Николаю Васильевичу присвоено звание Героя Российской Федерации (посмертно).