История регионального командования берет свое начало с 23 апреля 1979 года, когда приказом Министра Внутренних Дел СССР с целью совершенствования оперативного управления соединениями и частями внутренних войск на базе дивизии внутренних войск, дислоцирующейся в городе Новосибирске, было сформировано Управление внутренних войск МВД СССР по Западной Сибири. Первоначально ему было подчинено два соединения и 22 войсковые части. На войска были возложены служебно-боевые задачи по охране более 480 постоянных и производственных объектов, обеспечению деятельности краевых и областных судов, военных трибуналов и выездных сессий. Наряду с охраной ИТУ и конвоированием, части войск также обеспечивали охрану общественного порядка в городах: Омске, Барнауле, Новосибирске, Кемерово и Красноярске.
1979 год стал годом не только формирования управления войск, но и годом его становления как объединения. Успешно были выполнены служебно-боевые задачи, подготовлены две отличные части. За образцовое выполнение воинского долга, высокую бдительность и личную примерность (в 1979-1980 гг.) 62 военнослужащих войск были награждены правительственными наградами, более 2 тысяч человек удостоены знака «За отличие в службе» I и II степени.
Восьмидесятые годы стали периодом дальнейшего становления и совершенствования служебно-боевой деятельности войск. Происходят организационно-штатные изменения, формируются и создаются новые части, увеличивается численность специальных моторизованных воинских частей. В 1981г. создается вертолетное звено, впоследствии переформированное в часть. Созданы новые части в городе Новосибирске. Появляются специальные моторизованные воинские части в городах Томске, Новокузнецке, Горно-Алтайске.
Наряду с выполнением служебно-боевых задач, военнослужащие войск активное участие принимали в строительстве народно-хозяйственных и промышленных предприятий, жилья в городах и населенных пунктах Сибири. Даже в прокладке метрополитена в городе Новосибирске есть доля их труда, особенно личного состава одной из войсковых частей округа. Сотни воинов частей войск после окончания службы были направлены по комсомольским путевкам на Норильский горно-металлургический комбинат.
Выполнены задачи и по обеспечению общественного порядка при проведении массовых спортивных и других мероприятий. Это и Олимпийские игры 1980 г. в городе Москве, и Спартакиада народов СССР 1986г. в городе Красноярске, и международные турниры по хоккею с мячом на приз газеты "Советская Россия" в городах Красноярске, Абакане, Новосибирске.
Конец 80-х начало 90-х годов открывает новый этап в служебно-боевой деятельности частей войск. Наряду с повседневными задачами, отдельным из них приходилось выполнять задачи по обеспечению режима чрезвычайного положения в Алма-Ате, Сумгаите, Узбекистане, Сухуми, Баку, Таджикистане, Нагорном Карабахе, Северной Осетии.
С выходом Закона РФ «О внутренних войсках Министерства внутренних дел Российской Федерации» управления войск по регионам преобразуются в округа. На основании Указа Президента РФ от 2 марта 1993г. Управление внутренних войск по Западной Сибири преобразовано в Сибирский округ внутренних войск МВД РФ. С этого времени идут дальнейшие процессы реформирования внутренних войск. Сняты задачи по охране исправительно-трудовых учреждений, с 1995г. подчинены соединения и части по охране важных государственных объектов и специальных грузов, созданы новые части оперативного назначения.
Новым испытанием войск явилось участие отдельных частей округа в период с января 1995г. по январь 1997г. в разрешении вооруженного конфликта в Чеченской Республике. Военнослужащие округа проявили мужество и героизм, с честью выполнили свой долг. За мужество и отвагу, проявленные в ходе боевых действий, трое военнослужащих: сержант Галле А.Ф., рядовой Жолдинов Ж.Б. и Трубанов В.Е. посмертно удостоены высокого звания - Героя Российской Федерации, а свыше 450 офицеров, прапорщиков, сержантов и солдат регионального командования были награждены орденами и медалями. 16 военнослужащих округа навечно зачислены в списки частей.
В соответствии с утвержденным Президентом РФ Планом строительства и развития внутренних войск МВД РФ на 2006 – 2010 годы, с 1 января 2008 г. управление округа преобразовано в региональное командование. В настоящее время, в условиях реформирования войск, части регионального командования продолжают успешно выполнять поставленные служебно-боевые задачи. В составе регионального командования находятся несколько соединений и бригад, вертолетная эскадрилья, отряд спецназначения, военный госпиталь, другие воинские части.
