История регионального командования берет свое начало с 23 апреля 1979 года, когда приказом Министра Внутренних Дел СССР с целью совершенствования оперативного управления соединениями и частями внутренних войск на базе дивизии внутренних войск, дислоцирующейся в городе Новосибирске, было сформировано Управление внутренних войск МВД СССР по Западной Сибири. Первоначально ему было подчинено два соединения и 22 войсковые части. На войска были возложены служебно-боевые задачи по охране более 480 постоянных и производственных объектов, обеспечению деятельности краевых и областных судов, военных трибуналов и выездных сессий. Наряду с охраной ИТУ и конвоированием, части войск также обеспечивали охрану общественного порядка в городах: Омске, Барнауле, Новосибирске, Кемерово и Красноярске.

1979 год стал годом не только формирования управления войск, но и годом его становления как объединения. Успешно были выполнены служебно-боевые задачи, подготовлены две отличные части. За образцовое выполнение воинского долга, высокую бдительность и личную примерность (в 1979-1980 гг.) 62 военнослужащих войск были награждены правительственными наградами, более 2 тысяч человек удостоены знака «За отличие в службе» I и II степени.

Восьмидесятые годы стали периодом дальнейшего становления и совершенствования служебно-боевой деятельности войск. Происходят организационно-штатные изменения, формируются и создаются новые воинские части. Выполнены задачи по обеспечению общественного порядка на Олимпийских играх 1980 г. в городе Москве, Спартакиаде народов СССР 1986г. в го­роде Красноярске, и международных турнирах по хоккею с мячом на приз газеты "Советская Россия" в городах Красноярске, Абакане, Новосибирске.

Наряду с выполнением служебно-боевых задач, военнослужащие принимали активное участие  в строительстве народно-хозяйственных и промышленных предприятий, жилья в городах и населенных пунктах Сибири, прокладке метрополитена в городе Новосибирске.

В конце 80-х начале 90-х годов воинские части управления приняли участие в выполнении задач по ликвидации массовых беспорядков в Алма-Ате,  обеспечивали режим чрезвычайного положения в Сумгаите, Узбекистане, Сухуми, Баку, Таджикистане, Нагорном Карабахе, Северной Осетии.

Достойный вклад в становление и укрепление авторитета управления внутренних войск по Западной Сибири внесли генералы Дубиняк Владимир Сергеевич, Саввин Василий Нестерович, Гафаров Виктор Сергеевич, Шкирко Виктор Афанасьевич.

Указом Президента РФ от 2 марта 1993 года Управление внутренних войск МВД СССР по Западной Сибири преобразовано в Сибирский округ внутренних войск. Сняты задачи по охране исправительно-трудовых учреждений. В состав округа вошли соединения и воинские части по охране важных государственных объектов и специальных грузов, созданы новые части оперативного назначения и отряды специального назначения.

В 1992 году управление возглавил генерал-майор Новак Николай Васильевич. Под его руководством сформировался коллектив единомышленников и профессионалов, который в течение 12 лет,  был в числе передовых среди округов внутренних войск. Совершенствовалась система организации служебно-боевой деятельности соединений и воинских частей, организационно-штатная структура войск.

Боевым испытанием войск явилось участие в разрешении вооруженного конфликта на территории Чеченской Республики. Через горнило необъявленной войны прошло 17 воинских частей. За мужество и отвагу, проявленные в ходе боевых действий, пять военнослужащих регионального командования: старший лейтенант Цветков С.Е., рядовой по контракту Ибрагимов Т.Ф. , сержант Галле А.Ф., рядовой Жолдинов Ж.Б., рядовой Трубанов В.Е., удостоены высокого звания - Героя Российской Федерации (посмертно), а свыше 1200 офицеров, прапорщиков, сержантов и солдат округа награждены орденами и медалями. На этой войне округ потерял 158 военнослужащих, 31 из которых навечно зачислен в списки воинских частей.

С 2004 года Сибирский округ ВВ МВД России возглавляет генерал-лейтенант Бутин Александр Викторович. Под его руководством округ уверенно закрепился на достигнутых рубежах и сохранил передовые позиции во внутренних войсках. Качественное выполнение возложенных на войска служебно-боевых задач, решение социальных вопросов военнослужащих и членов их семей стали визитной карточкой СибО ВВ МВД России.

С 1 января 2008 года, в соответствии с Планом строительства внутренних войск на период до 2020 года и на основании Указа Президента РФ от 31 июля 2007 года № 1000   Сибирский округ внутренних войск МВД России преобразован в Сибирское региональное командование внутренних войск МВД России.

Войска Сибирского регионального командования продолжают выполнять служебно-боевые задачи по охране важных государственных объектов и специальных грузов, общественного порядка и общественной безопасности в городах Сибири, частью сил участвуют в контртеррористической операции на территории Чеченской Республики.      

29 апреля 2009 года по поручению заместителя министра внутренних дел Российской Федерации - главнокомандующего внутренними войсками МВД России генерала армии Рогожкина Николая Евгеньевича заместитель главнокомандующего внутренними войсками МВД России генерал-полковник Лазебин Евгений Павлович вручил личный штандарт командующему войсками Сибирского регионального командования внутренних войск МВД России генерал-лейтенанту Бутину Александру Викторовичу.

Указом Президента Российской Федерации  от 20 сентября 2010 года командующим войсками Сибирского регионального командования внутренних войск МВД России назначен генерал-лейтенант Гадушкин Николай Викторович.