27 января 1967 в структуре внутренних войск МООП СССР для разработки, испытания и внедрения в войска инженерно-технических средств охраны, оборудования ими охраняемых объектов образован Опытно-испытательный полигон. В 1972 году на его базе формируется Специальное конструкторское бюро ИТСО ВВ, которое возглавил полковник Михайлов Евгений Михайлович. В 70-е годы специалистами бюро были разработаны и направлены в войска система охраны «Ночь-12», приборы обнаружения человека «Гиацинт» и «Лаванда». С 1981 по 1983 год СКБ возглавлял полковник Котляров Александр Петрович, впоследствии генерал-майор, заместитель начальника штаба внутренних войск – начальник инженерно-технического управления Главного управления командующего внутренними войсками МВД России.
1 августа 1983 года СКБ ИТСО преобразовано в Центр инженерно-технического обеспечения внутренних войск. С этого момента ЦИТО выступает в роли заказчика инженерных средств и осуществляет контроль за качеством их производства на предприятиях военно-промышленного комплекса. При этом на воинскую часть возлагается испытание и внедрение новых образцов изделий. Но главное направление деятельности остается прежним – обеспечение войск инженерными средствами.
С появлением очага напряженности на Северном Кавказе большая часть научных изысканий сосредоточена на внедрении новых проектов, направленных на сохранение жизни и здоровья солдат правопорядка. При непосредственном участии Центра были разработаны и внедрены в войска элементы экипировки сапера: защитный облегченный костюм и транспортный жилет, а также изделия для дистанционного исследования и воздействия на минно-взрывные устройства и подавления каналов управления радиоуправляемых взрывных устройств, мобильный роботоризированный комплекс для исследования и обезвреживания минно-взрывных устройств.
В 2011 году завершена работа по принятию на вооружение специальной инженерной машины для обеспечения действий внутренних войск в городских условиях «Торнадо». В 2012 году разработан и принят на снабжение единый бронежилет для военнослужащих внутренних войск МВД России "7Б-ВВ".
С 2013 года Центром командует подполковник Миталенко Роман Евгеньевич.